Thời Việt Nam Cộng hòa, có khoảng 600 dân - đa số là người Kinh gốc Rạch Giá và chỉ có bốn gia đình gốc Khmer - sống tập trung tại bãi Ngự trên đảo Thổ Châu.[8] Thời gian trước sự kiện 30 tháng 4 năm 1975, có một sân bay trực thăng và vài chiếc tàu PCF của Hải quân Việt Nam Cộng hòa đóng quân và đã bàn giao lại cho dân quân quản lý để chờ đối phương tiếp quản.[cần dẫn nguồn]

Ngày 10 tháng 5 năm 1975, quân Khmer Đỏ đưa tàu đổ bộ chuyên chở phương tiện (LCM) và ba tàu hộ tống (PCE) đưa quân chiếm đảo chính Thổ Châu mà không tốn một viên đạn, đồng thời bắt khoảng năm trăm dân thường về Campuchia để thảm sát. Từ ngày 24 tháng 5 đến 27 tháng 5 năm 1975, quân Việt Nam tấn công và tái chiếm đảo. Năm 1977, Khmer Đỏ tập kích đảo Thổ Châu một lần nữa nhưng đã bị đánh bại hoàn toàn.[8]

Ngày 27 tháng 4 năm 1992, Uỷ ban Nhân dân tỉnh Kiên Giang đưa sáu gia đình với khoảng ba mươi người đang cư ngụ tại xã Kiên Hải ra đảo Thổ Châu để lập nghiệp. Ngày 24 tháng 4 năm 1993, Chính phủ Việt Nam quyết định thành lập xã đảo Thổ Châu.[9]

Ngày 19 tháng 7 năm 2017, HĐND tỉnh Kiên Giang thông qua Đề án lập mới huyện đảo Thổ Châu từ xã Thổ Châu của huyện đảo Phú Quốc để trình lên Chính phủ.